Trece años después...

Fueron dos temporadas aciagas para los blancos, con el ya fallecido Ramón Mendoza en la presidencia. En la primera, defendiendo el título de campeón de Liga, acaba tercero en la clasificación a once puntos del campeón, el Barcelona, cuando aún las victorias se contaban por dos puntos. En la Copa del Rey no tuvo mejor suerte ya que fue eliminado por el Atlético de Madrid en los octavos de final. Tras empatar a uno en el Santiago Bernabéu (goles de Rodax y Hugo Sánchez), en la vuelta disputada en el Vicente Calderón los rojiblancos vencieron 1-0 gracias a un tanto de Donato.

En Europa, el conjunto madridista no tuvo mejor suerte y fue eliminado por el Spartak de Moscú en cuartos de final, tras perder 1-3 en Madrid en el partido de vuelta (0-0 en Moscú). La temporada siguiente, con Radomir Antic en el banquillo a principios de temporada y con Leo Beenhakker al final, tampoco pudieron levantar ningún trofeo. En ese año empezó el síndrome de Tenerife, ya que los madridistas perdieron en la última jornada de Liga 3-2 dejando el título en manos del Barcelona, que les aventajó en un punto al final de la temporada.